จุดเริ่มต้นของการจัดตั้งศูนย์ศึกษายุทธศาสตร์ทหารเรือ เริ่มจากที่กองทัพเรือได้อนุมัติให้คณะนายทหารจากโรงเรียนนายทหารเรือไปดูงานวิจัยทางยุทธศาสตร์ ณ ประเทศสหรัฐอเมริกา ทั้งในส่วนของกองทัพเรือสหรัฐฯ และของมหาวิทยาลัยพลเรือน หลังจากการดูงาน รร.นท. ได้เสนอรายงานผลการดูงานวิจัยทางยุทธศาสตร์และเสนอขออนุมัติกองทัพเรือให้ รร.นท.เป็นหน่วยงานศึกษายุทธศาสตร์ของกองทัพเรือด้วย ซึ่งกองทัพเรือได้พิจารณาแล้วอนุมัติลงวันที่ ๓ พฤษภาคม พ.ศ.๒๕๒๖ ให้ รร.นท. จัดตั้งศูนย์ศึกษายุทธศาสตร์ โดยให้ใช้ทรัพยากรที่มีอยู่เดิมไปก่อนจนกว่าจะมีการขอแก้ไขอัตราเป็นการถาวรต่อไปโดยให้ศูนย์ศึกษายุทธศาสตร์มีหน้าที่ดำเนินการทางวิชาการในการ
ศึกษา รวบรวมข้อมูล วิเคราะห์ วิจัย ทดสอบ เผยแพร่ และเสนอแนะในเรื่องยุทธศาสตร์และการสงครามทางเรือจึงถือได้ว่าวันนี้เป็นวันที่กองทัพเรืออนุมัติให้จัดตั้งศูนย์ศึกษายุทธศาสตร์ขึ้นในกองทัพเรือศูนย์ศึกษายุทธศาสตร์ทหารเรือ (Naval Strategic Studies Center ) ได้มีพัฒนาการในทุกด้านมาอย่างต่อเนื่อง จนในปัจจุบันมีโครงสร้าง ประกอบด้วย 3 กอง ทำหน้าที่ ศึกษา รวบรวมข้อมูล วิเคราะห์ วิจัย พัฒนา ทดสอบ สร้างการรับรู้ เผยแพร่ และเสนอแนะในเรื่องยุทธศาสตร์ และการสงครามทางเรือ รวมทั้งให้การศึกษาในเรื่องการจำลองยุทธ์สถานการณ์วิกฤตต่างๆ โดยมี ผู้อำนวยการศูนย์ศึกษายุทธศาสตร์ทหารเรือเป็น ผู้บังคับบัญชา เป็นหน่วยขึ้นตรงของ กรมยุทธศึกษาทหารเรือ อยู่ภายใต้การกำกับการของ เจ้ากรมยุทธศึกษาทหารเรือ เป็นหน่วยขึ้นตรงของ ผลงานสำคัญที่ผ่านมา ได้แก่ การผลักดันให้ประเทศไทยเป็นหนึ่งในรัฐชายฝั่งของช่องแคบมะละกา งานวิจัย เรื่อง coastguard โดยวิเคราะห์สภาวะแวดล้อมด้านความมั่นคงทางทะเลทั้งในและนอกภูมิภาคเอเชียแปซิฟิก และการจัดทำยุทธศาสตร์ความมั่นคงทางทะเลที่มีความเหมาะสมสอดคล้องต่อนโยบายความมั่นคงและยุทธศาสตร์ชาติที่กำหนด